Organisasi siswa

Siswa-siswi Madrasah Aliyah tergabung dalam wadah organisasi Ikatan Pelajar Madrasah Al-Muayyad ( IPMA ) yang beranggotakan semua siswa dan siswi. Induk Organisasi disebut dengan IPMA Pusat.
Adapun kelembagaan IPMA sebagai berikut :
1. Badan Perwakilan Siswa ( BPS ) dipilih semua santri ( siswa yang belajar di Pondok Al-Muayyad ) melalui Pemilu dan berfungsi legislatif.
2. Badan Pelaksana ( BP ), pengurus hariannya dipilih oleh BPS dan berfungsi eksekutif
3. Majelis Permusyawaratan Siswa ( MPS ) terdiri dari semua unsur IPMA : BPS, dan BP Pusat dan Cabang, serta wakil-wakil kelas.
4. Masa jabatan 1 tahun , diakhiri dengan Laporan Pertanggungjawaban BP kepada Musyawarah Paripurna MPS.
5. Sebelum memangku jabatannya, setiap pengurus wajib mengikuit Latihan Kepemimpinan dan Manajemen Pelajar ( LKMP ).